制药行业废水主要包括抗生素生产废水、合成药物生产废水、中成药生产废水以及各类制剂生产过程的洗涤废水和设备冲洗废水四大类。其废水的特点是成分复杂、有机物含量高、毒性大、色度深、含盐度高、生化性差，且间歇排放，属难处理的工业废水。随着我国医药工业的发展，制药废水已逐渐成为重要的污染源之一。采用合适的方法处理不同种类的废水，同时回收废水中可再生利用的成分，可以在解决其污染问题的同时实现经济效益。
物理处理：气浮——采用气浮法。CODcr去除率可达50%以上，固体悬浮物去除率可达70%以上。       
                吸附——常用粉煤灰或活性炭吸附。    
化学处理：混凝——向水中投加混凝剂，使污水中的交替颗粒失去稳定性，凝聚成大颗粒便于沉淀分离去除。         
                Fe-C——经Fe-C 法预处理过的制药废水，可生化性大幅提高。
                氧化——制药废水COD浓度高、色度深、有毒物质浓度高。深度氧化技术通过采用特殊溶剂，破坏有机物的结构，使有机碳氢完全转化为CO2和H2O。
生物处理：HBF——生物膜法与活性污泥法的完美结合。
                UC——可大幅度提高污水的可生化性。